Come vengono utilizzati i peptidi del catalogo nell'analisi delle interazioni proteiche - proteine?

Ehilà! Come fornitore di peptidi del catalogo, ho visto in prima persona come queste piccole molecole abbiano un ruolo enorme nell'analisi delle interazioni proteiche -proteine. In questo blog, abbatterò il modo in cui utilizziamo i peptidi di catalogo in questa super -area di ricerca.

Prima di tutto, parliamo un po 'di quali sono le interazioni proteiche. Le proteine ​​sono i cavalli di lavoro delle nostre cellule. Fanno di tutto, dalla catalizzazione delle reazioni chimiche al trasporto di molecole in giro. Ma di solito non lavorano da soli. Invece, interagiscono con altre proteine ​​per formare reti complesse che controllano quasi ogni processo biologico nei nostri corpi. Comprendere queste interazioni è la chiave per capire come funzionano le cellule e può anche portare allo sviluppo di nuovi farmaci e terapie.

Allora, dove entrano i peptidi del catalogo? I peptidi di catalogo sono pre -fatti, ben caratterizzate catene corte di aminoacidi. Sono prontamente disponibili, il che è un vantaggio enorme per i ricercatori che non hanno il tempo o le risorse per sintetizzare i propri peptidi.

Uno dei modi più comuni in cui utilizziamo i peptidi di catalogo nell'analisi dell'interazione proteica - è attraverso saggi di legame competitivo. In breve, questi test funzionano introducendo un peptide di catalogo che imita una parte di una delle proteine ​​interagenti. Questo peptide compete con la proteina a tutta lunghezza per il legame con il suo partner.

Diciamo che stiamo studiando l'interazione tra la proteina A e la proteina B. Possiamo scegliere un peptide di catalogo che ha una sequenza simile al sito di legame sulla proteina A. Quando aggiungiamo questo peptide a una soluzione contenente la proteina A e la proteina B, è in grado di legarsi alla proteina B invece di cui è possibile l'apprendimento della proteina B tra la proteina B, la proteina B, è una proteina B, che è in dislocazione di proteina B, a cui è possibile l'apprendimento della proteina B, che è in grado di apprendere la proteina B. Affinità di legame e specificità dell'interazione proteica - proteina originale.

Ad esempio, prendiSecretin, suino. Secretin è un ormone che svolge un ruolo nel sistema digestivo. I ricercatori possono utilizzare questo peptide di catalogo per studiare le sue interazioni con la sua proteina del recettore. Usando saggi di legame competitivi con secretina, suina, possono determinare quanto l'ormone si lega strettamente al suo recettore e quali parti del recettore sono importanti per il legame.

Un altro modo in cui vengono utilizzati peptidi di catalogo è negli studi di risonanza plasmonica di superficie (SPR). SPR è una tecnica che misura il legame delle molecole a una superficie in tempo reale. Nel contesto dell'analisi dell'interazione proteica - proteina, possiamo immobilizzare una delle proteine ​​su una superficie del sensore e quindi fluire una soluzione contenente l'altra proteina e un peptide di catalogo su di essa.

Mentre le proteine ​​e i peptidi interagiscono con la proteina immobilizzata, il segnale SPR cambia. Analizzando questi cambiamenti, possiamo determinare la cinetica del legame, come l'associazione e i tassi di dissociazione. Questo ci dà un quadro dettagliato di come le proteine ​​e i peptidi interagiscono tra loro.

Beta - amiloide (1 - 42), umanoè un peptide ben noto nella ricerca sulla malattia neurodegenerativa. Negli studi SPR, questo peptide del catalogo può essere usato per studiare le sue interazioni con altre proteine ​​nel cervello. Ad esempio, può aiutarci a capire come gli aggregati beta -amiloidi e come interagisce con le proteine ​​che potrebbero essere coinvolte nello sviluppo della malattia di Alzheimer.

I peptidi del catalogo sono utili anche negli esperimenti di co -immunoprecipitazione (CO - IP). CO - IP è una tecnica utilizzata per isolare e identificare le proteine ​​che interagiscono con una proteina bersaglio. In un esperimento di co -ip, usiamo prima un anticorpo per abbattere la proteina bersaglio insieme a eventuali proteine ​​che sono legate ad essa.

Possiamo usare peptidi di catalogo per convalidare la specificità di queste interazioni. Se aggiungiamo un peptide di catalogo che imita il sito di legame della proteina interagente, dovrebbe interrompere l'interazione e impedire che la proteina interagente sia immunoprecipitata con la proteina bersaglio. In questo modo, possiamo essere più sicuri che le interazioni che stiamo osservando siano reali e specifiche.

Fibrinogeno β - catena (10 - 28)Può essere utilizzato in esperimenti di co -ip relativi alla coagulazione del sangue. Il fibrinogeno è una proteina importante nel processo di coagulazione e, usando questo peptide di catalogo, possiamo studiare le sue interazioni con altri fattori di coagulazione e convalidare i risultati dei nostri esperimenti di co -ip.

Oltre a questi metodi, i peptidi di catalogo possono essere utilizzati anche nella spettroscopia di cristallografia a raggi X e risonanza magnetica nucleare (NMR). Queste tecniche vengono utilizzate per determinare la struttura tridimensionale delle proteine ​​e i loro complessi. Usando i peptidi di catalogo, possiamo semplificare l'analisi e ottenere approfondimenti sulle basi strutturali delle interazioni proteiche -proteine.

Ad esempio, se stiamo cercando di risolvere la struttura di un grande complesso proteico, può essere molto difficile. Ma se utilizziamo un peptide di catalogo che si lega a una regione specifica di una delle proteine ​​nel complesso, possiamo ottenere un sub -complesso più piccolo e gestibile. Questo sub -complesso è spesso più facile da cristallizzare o analizzare da NMR, permettendoci di capire come le proteine ​​interagiscono a livello atomico.

Nel complesso, i peptidi del catalogo sono strumenti incredibilmente versatili nell'analisi delle interazioni proteiche -proteine. Offrono un modo conveniente e efficace per studiare questi complessi processi biologici. Che tu sia un ricercatore nel mondo accademico o nell'industria delle biotecnologie, i peptidi del catalogo possono aiutarti a fare progressi significativi nei tuoi studi.

Se sei interessato a usare peptidi di catalogo per l'analisi dell'interazione proteica - Proteine, siamo qui per aiutarti. Offriamo una vasta gamma di peptidi di catalogo di alta qualità adatti a varie applicazioni. Contattaci per iniziare una conversazione sulle tue esigenze specifiche e lavoriamo insieme per far avanzare le tue ricerche.

Riferimenti

1. Smith, JK (2018). Approcci a base di peptidi per lo studio delle interazioni proteiche - proteine. Journal of Biological Chemistry, 293 (22), 8542 - 8550.
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3. Brown, CD (2020). Risonanza plasmonica di superficie per lo studio delle interazioni proteiche - proteine. Journal biofisico, 118 (6), 1423 - 1432.