La funzione dei gruppi protettivi è quella di isolare specifici gruppi funzionali durante il processo di sintesi, proteggendoli dalle interferenze e rimuovendo i gruppi protettivi solo dopo aver completato reazioni specifiche per ripristinare l'attività della molecola bersaglio. Il processo di rimozione dei gruppi protettivi richiede solitamente condizioni blande per evitare di danneggiare la molecola bersaglio. Ad esempio, il metodo per rimuovere la ROH dagli alcoli protetti consiste solitamente nel produrre eteri (ROR ') o esteri (ROCOR') e quindi idrolizzarli o acidificarli in condizioni appropriate.
In sintesi, il ruolo dei gruppi protettivi nella sintesi del PNA è cruciale, poiché garantisce una sintesi efficiente di molecole complesse, evita reazioni non bersaglio e può essere rimosso selettivamente quando necessario per ottenere prodotti di PNA purificati.