Esistono due metodi principali per la sintesi delle librerie peptidiche: metodo monomerico e metodo sub monomerico.
Metodo dei monomeri
Il metodo dei monomeri è un approccio tradizionale per la sintesi delle librerie peptidiche. In questo metodo, tutti i monomeri protetti devono essere prima sintetizzati e il processo di sintesi di ciascun monomero protetto è complicato e richiede tempo.
Metodo del monomero secondario
Il metodo del monomero secondario non richiede monomeri con gruppi alfa amminici protetti. Questo metodo consiste in due fasi: sostituzione nucleofila seguita da acilazione. Il metodo del submonomero consente l'uso di qualsiasi ammina disponibile in commercio o sinteticamente, con un grande potenziale per la chimica combinatoria.